Proti chorobám sa používajú biopreparáty obsahujúce živé organizmy schopné parazitovať a potláčať fytopatogénne huby spôsobujúce závažné ochorenia rastlín. Typickými zástupcami mykoparazitických húb v biopreparátoch sú Pythium oligandrum, Trichoderma harzianum, Ampelomyces quisqualis.
Ďalšou skupinou biopreparátov sú tzv. elicitory, ktoré aktivizujú obranné imunitné systémy rastlín proti ochoreniam. Touto vzácnou vlastnosťou sa vyznačujú výťažky z niektorých druhov rastlín a extrakty morských rias.
Tieto biopreparáty sa zvyčajne dopĺňajú aplikáciami prípravkami na báze medi a síry, ktoré sú oficiácialne zaregistrované v ekologickom pestovaní rastlín.